På 1420-talet beslutade den danske kungen Erik av Pommern att tullavgifter skulle införas i Öresund för fartyg som var på väg in eller ut ur Östersjön. För att få systemet att fungera lät han, på den plats där sundet är som smalast, bygga en stark fästning som fick namnet Krogen. Borgen ersatte då det äldre Flynderborg längre inåt landet, första gången omtalad 1288, som revs i samband med byggandet av Krogen. År 1429 infördes Öresundstullen. På denna tid bestod fästningen av ett antal mindre byggnader innanför en befäst mur.
Under grevefejden intogs Krogen av lübeckarna, men 11 januari 1536 gav sig fästningen åt danskarna. Då Krogen inte ansågs tillräcklig för att försvara sundets inlopp och avtvinga Öresundstullens erläggande beslöt kung Fredrik II att i maj 1574 lägga grundstenen till Kronborg, vilket fulländades 1585.[2] Ombyggnaden leddes av Hans Paasche. Under 1580-talet omskapades fästningen till ett renässanspalats, delvis efter italienska förebilder av den nederländske arkitekten Antonis van Opbergen.
Effektivt lyckades dock aldrig Kronborg stänga sundet. När svenskarna kontrollerade bägge sidor seglade amiral Opdam 29 oktober 1658 genom sundet utan att lida någon betydande skada, trots beskjutning från bägge stränder. En nederländsk flotta gjorde samma färd redan 1644. 30 april 1801 seglade den brittiska flottan under Parker och Nelson genom sundet utan större skador, fast man höll sig då nära den svenska kusten för att undvika att komma för nära fästningen.
Kristian IV vistades ofta på Kronborg under längre tider. I januari och februari 1590 hade han där besök av Skottlands kung Jakob IV med drottningen Anna, Kristians syster, och på påskdagen samma år bevistade de kungens syster Elisabeths bröllop med Henrik Julius av Braunschweig-Wolfenbüttel som hölls på Kronborg.
År 1629 ledde två arbetares oförsiktighet till att stora delar av slottet brann ner. Endast kapellet klarade sig, tack vare sina starka valvbågar. Dåvarande kung Kristian IV lät därefter restaurera slottet och 10 år senare hade slottet återfått sin ursprungliga glans. Han anlade i samband med detta även större kasemattanläggningar vid fästningen, som möjliggjorde en större garnison.
År 1658, under Nordiska krigen, intogs slottet av svenska styrkor ledda av Carl Gustaf Wrangel. Efter freden i Roskilde, då Skåne blivit svenskt, förstärkte man slottets försvar betydligt. Åren 1688–1690 skapades en avancerad försvarslinje omkring slottet. Kort efteråt lät man uppföra en ny serie vallar omkring detta. Efter färdigställandet ansågs Kronborg vara den starkaste fästningen i Europa.
Kronborg, 2013. Från 1739 till mitten av 1800-talet användes Kronborg som ett straff- och arbetsfängelse. Arbetarna var manliga fångar som blivit dömda till arbete på slottets försvarsanläggning. Fångarna vaktades av soldater inkvarterade i slottet. Fångarna delades upp i två kategorier. De som var dömda för mindre brott kategoriserades som "ärliga" och tilläts arbeta utanför slottsmurarna. De som var dömda för våld, mord, mordbränder eller liknande kategoriserades som "oärliga" och tvingades arbeta av sitt straff med hårt fysiskt arbete innanför slottsvallarna. I övrigt hade fångarna samma förutsättningar: de var alla tvungna att bära kedjor och på nätterna ligga i kalla och fuktiga fängelsehålor.
Perioden 17 januari – 20 maj 1772 var Kronborg fängelse för drottning Carolina Mathilda.
Efterhand som Kronborgs betydelse som ett kungligt slott minskade kom beväpnade styrkor att spela en allt större roll. Från 1785 till 1922 var slottet en ren militäranläggning. Under denna period gjordes ett antal renoveringar.
